Rumah Sakit ‘Aisyiyah Bojonegoro memiliki fasilitas terbaru yaitu adanya ruang isolasi. Ruang isolasi ini berada di ruang perawatan utara dengan kapasitas 3 tempat tidur dimana 1 TT untuk pasien tetanus dan 2 TT untuk pasien dengan penyakit menular. Dengan fasilitas sesuai standart ruang isolasi sebuah rumah sakit, diharapkan bisa membantu memenuhi kebutuhan masyarakat, terutama bagi pasien dengan kasus tertentu yang memerlukan perawatan khusus. Dengan mendapatkan perawatan khusus sesuai jenis penyakitnya, diharapkan bisa mempercepat proses penyembuhan pasien dan memutus rantai penularan penyakit. 
